摩根法案执行后，来自中国的军事威胁日益凸显，随着海军舰队主力从大西洋移驻太平洋，作为舰队最便捷最有效率的增援补给通道，巴拿马运河的重要性不容忽视，对运河区防御的强化也就提上了日程。
海军的计划是在运河地太平洋一侧修建海防要塞和海军基地，部署重炮、鱼雷艇、潜艇和水上飞机。但由于形势变化，永备海防要塞的计划被取消，改为修建若干临时海防炮台，计划中要耗费十几个月才能完成的现代化海军基地则尽量以巴拿马港的已有设施将就替代。
陆军则制订了必要时控制巴拿马全境，阻止敌军包抄登陆的全盘方案，计划在战争爆后的一周内进驻科隆和巴拿马城，一个月内进占巴拿马全境各要点。
到珍珠港事件前夕，海军已在运河区太平洋一侧开工26座海防炮台，计划安放1座双联14英寸寸要塞炮，舰炮、寸舰炮，以及若干3寸野炮，实际上只有8英寸炮和6英寸炮安放完毕。陆军则将运河区的驻军增加到6个炮兵连和3个骑兵连，相对地，被美国“保护”着的巴拿马，其手中全部的武装力量不过是一支60人的国民卫队和数百名警察。
夏威夷沦陷后，陆军立即“和平进驻”巴拿马全境，并在1个月内将驻军增加到7个步兵团炮兵连。海军则加紧修筑炮台工事。一个月内完成了全部10寸炮和单装炮的安置，并将原本预备用于夏威夷防御的一批防空武器，包括24英寸高射炮磅高射机关炮及32高射机枪，集中部署于船闸和加通水坝附近。
此外，由前陆军航空总监威廉.米切尔上校指挥的陆军第1空队陆基飞机和威廉弗莱彻准将指挥的海军航空兵第1混合联队水上飞机也在几天前完成了在巴拿马的部署。
即便如此，西姆斯还是放不下心。对方要破坏运河，已知的办法有三种：登陆、炮击、空袭。巴拿马地势以山地为主，最高峰奇里基火山海拔内雨林密布，山隘险要，沿海多峭壁陡岸，美陆军又已集结重兵防范，对方强行登陆势必要付出巨大代价，即便侥幸攻入运河区也很可能是得不偿失。
以第3舰队的实力显然是无法阻挡敌主力舰队攻入巴拿马湾的，但即便对方动用14英寸级的战列舰主炮，想要破坏开凿在岩石山体中的运河水道也并非易事。薄弱环节在连通海拔2米的加通湖与太平洋之间的两座船闸上，但船闸并非建在海口处，靠太平洋一侧最近的二级船闸深入内陆六十多公里，又有山势遮挡，战舰就算冒险开到岸边轰击，也未必能准确命中。
空袭是最值得担心的，靠大西洋一侧的加通水坝一但被摧毁，加通湖水一泻而空，整个运河将陷入瘫痪，而修复大坝绝非一朝一夕之事。好在有专家论证，要摧毁重力坝型的加通水坝，需要在水线下紧贴坝体爆炸，也就是说，要动用35吨重的巨型鱼雷或炸弹，而根据夏威夷作战中取得的情报，敌舰载攻击机的载弹量不过500斤，而看似薄弱的船闸闸门其实全由钢铁制成，每扇重达一米多，强度胜过战列舰舰体。
困难是有的，可天知道中国人还藏了多少秘密。珍珠港事件之前，谁能料到不可一世的战列舰队会败给那些不起眼的小苍蝇？西姆斯宁愿相信对方有能力克服那些困难，夏威夷失守以来，凡事先往最坏的方面去想已成了西姆斯的习惯。
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