荷兰来犯的舰队共有船只一百零一艘，一艘四桅三层炮甲一百零四炮战舰，十艘四桅双层炮甲板七十四炮战舰，十艘五十炮武装商船，二十炮双桅快帆船三十艘，十炮单桅轻快帆船五十艘。
这支舰队火炮总计两千四百四十四门，海员四千零七十人，所载陆战队一千八百五十三人，加上其它人员，总计六千一百九十三人。
这是一支庞大的舰队，甚至比之当年加莱海战时，西班牙的无敌舰队和英国舰队也不逞多让。时隔数十年后，各国的海上力量越发强大，战舰越来越大，火炮越来越强。在东印度的台湾海峡，荷兰人竟然集结了如此一支庞大的海上力量。
不过这也确实有些意外，明军攻占鸡笼，西班牙人投降消息传来，大员的荷兰人立即动员起来，而此时恰好荷兰和英国人组成的联合舰队正在附近，他们正执行封锁中国海的任务，得到明军大举出动，即将进攻大员，他们立即赶到大员，与大员的荷兰人组成了一支强大的舰队，跨海而来。
荷兰人把这支舰队分成了三个分舰队，伊丽莎白舰队，由英国的乔治爵士指挥，五艘英国四桅74炮战舰和十艘二十炮双桅快帆船加上十艘十炮单桅快船组成。
巴达维亚舰队，由范布隆爵士指挥，一艘一百零四炮的三层炮甲板四桅风帆战列舰旗舰，五艘七十四炮战舰，和十艘二十炮双桅快帆船加上十艘十炮单桅快船组成。
大员舰队，由保罗.杜拉弟纽司指挥，十艘五十炮武装商船以及十艘二十炮双桅快帆船，外加三十艘十炮单桅轻快帆船组成。
这个时候，刘钧惊讶于荷兰人舰队强大之时，也迅速的在调动自己的舰队。
他和郑芝龙商议过后，把舰队分成了四支分舰队。
由刘钧亲自统领的北洋舰队，这支舰队以84炮的四桅双层炮甲板的伏波号为旗舰，另有五十炮的四桅武装商船四艘，八炮三桅炮舰两艘，除了这七艘主力战舰外，北洋舰队还有双炮大青头鸟船十艘，双炮赶缯船十艘，快艇小船三十艘。
郑芝龙和郑芝豹各自指挥东海舰队和南海舰队，这两支舰队都各有五艘三桅炮舰，并各有青头、赶缯十艘，另还有发贡炮舰数艘，福船、沙船、快艇等若干。
长江舰队的主力战舰最少，这支由熊文灿指挥的舰队实际上是一支补给舰队，也是一支预备队。
除了这四支舰队外，在澎湖岛上还有岸炮部队，以及马步士兵。
一场庞大的海战即将开始，郑芝龙再次如同在料罗湾海战前一样，向舰队颁下了重重的赏格。
参战者每人给银二两，若战事延长，额外增给五两。每只火船16人，若烧了荷兰船，给六人银二百两，一个荷兰人头给银五十两。
做为此次海战的总指挥，刘钧同样不吝赏赐。
他向四支舰队以及岸上人马宣布，杀一个红夷士兵晋一级。战舰击沉敌主力舰一艘，官兵俱升一级，并赏银五十两。
崇祯十二年十一月九日，刘钧率舰队出港。
熊文灿劝刘钧不要出港，就停在港口之中。但刘钧和郑芝龙都决定出港迎战，虽然英荷联合舰队的实力更强，但也正因为他们战舰强大，拥有两千多门大炮，如果留在港口里，那么最大的结果就是他们被人堵住，然后直接被击沉在港口。
毕竟英荷联军是巨舰大炮，又不是寻常的明军水师。明军几百艘船只挤在港口里的话，根本无法施展侧舷炮轰，而敌舰在外面有宽阔的海面能够排开数里长的阵形，把炮弹尽情的轰击到港口内，明军连个挪移闪躲的地方都没有。
尤其是在澎湖缺少足够的岸防大炮的情况下，更是如此，留在港口，只能是坐以待毙。
当天早上，海峡里的英荷联合舰队听说明军舰队已经驶离澎湖，迎面而来时，也大为惊讶了一下。他们没料到明军舰队不是吓的逃回福建沿海，而是敢来迎战。
“下锚！”
巴达维亚舰队的指挥官，也是整个联合舰队的指挥范布隆站在一百零四炮战列舰上下达了命令。他命令立即下锚，三个分舰队摆成战斗队形。
他们摆阵的时候，刘钧率领的大明舰队已经出现了。
然后范布隆很惊讶的发现，大明的舰队居然迅速的抢占了上风口。他的舰队居然处于逆风的位置，可是这个时候已经无法再改变阵形。
范布隆命令升起东印度公司带有VOC三字母标识的红白兰旗帜，这是全面备战的信号。
明军的战舰趁着荷兰人的轻敌，成功的抢点了顺风位置，使自己顺风而敌人逆风，这可以获得主动和方便机动，而且炮战一开始，炮烟也会顺风吹响敌人，足以摭挡敌人的视线。
根据战前刘钧与郑芝龙的商议，大明的舰队排成了一条战列线，这也是如今海战上的常规战法，如此才能更好的把侧舷的火炮射击敌船。
两支舰队相隔不过数里。
他们首先经过英荷舰队的右翼和下风方面，一面行驶，一面开始从远距离发炮射击。
这时，英荷舰队也开始展开队形，向着明军舰队发炮。
两支舰队数百条战舰，开始远远的放炮射击，炮声隆隆，海面上不时的溅起一团团的白色浪花，不过相距很远，一开始都还没有炮弹命中敌船。
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